OEF Acides aminés --- Introduction ---

Ce module regroupe pour l'instant 28 exercices sur les acides aminés, constituants des protéines. Les premiers exercices présentent les codes et conventions utilisés pour désigner les acides aminés ou les atomes et groupes d'atomes d'un acide aminé. Une dizaine d'exercices ont pour but d'apprendre à reconnaître les différents acides aminés (présentés en formule 2D, 3D ou inclus dans des peptides). D'autres exercices montrent l'importance de la diversité des chaînes latérales (ionisation, caractères polaire ou hydrophobe, modifications post-traductionnelles potentielles ...).

Dans les exercices destinés à l'apprentissage des formules des acides aminés, les formules sont données sous la forme non ionisée qui n'existe pas en solution. Les formes ionisées sont présentées dans l'exercice O - Ionisation.

Certains exercices utilisent Java 1.4 qui doit donc être installé.

R - Charge de peptides

Quelle est la charge nette de ce peptide à pH 7.2 ?

Charge nette :

I - Formule des acides aminés

Dessiner, à l'aide de l'applet, la formule . Ne pas afficher les atomes C et H.

B - Le code à trois lettres

Quels acides aminés sont désignés par ces lettres dans le code à une lettre ? Donnez le nom de chacun d'eux dans le code à trois lettres (sous la forme Xyz).

C - Le code à une lettre

Quelle lettre désigne cet acide aminé dans le code à une lettre ?

:

G - Identification des acides aminés II

Faites correspondre à chaque acide aminé sa formule.

X - Cystine

A partir de deux molécules de (ouvrir la dernière icône du menu), former la cystine :

V - Quel est ce dipeptide ?

Donner la séquence de ce dipeptide.

Vous pouvez faire tourner la molécule.

Y- Diversité des chaînes latérales

Les chaînes latérales des acides aminés sont diverses par leur taille, leur forme, les interactions qu'elles peuvent établir, leur réactivité chimique. Mettez en relation chaque acide aminé avec la propriété qui lui correspond.

A - Qu'est-ce qu'un acide aminé

Tous les acides aminés ne se retrouvent pas dans les protéines. Les acides aminés présents dans les protéines sont des acides alpha-aminés. Cochez la formule qui correspond à un acide alpha-aminé :
Les acides aminés qui se retrouvent dans les protéines sont de configuration L. Cliquez sur la formule correspondant à un acide aminé de la série L.
Certains acides alpha-aminés de configuration L, comme l'ornithine ou la citrulline sont des intermédiaires métaboliques mais ne se retrouvent pas dans les protéines. Voici les formules de l'ornithine et de la lysine. Cliquez sur la formule de la lysine.

M - Hydrophobe / Hydrophile

Le caractère hydrophobe ou hydrophile des acides aminés va déterminer le type d'interactions qu'ils établissent (avec une bicouche lipidique et des surfaces hydrophobes ou avec un solvant aqueux). Classer ces acides aminés en fonction du caractère hydrophobe croissant de leur chaîne latérale :
Une même immunoglobuline peut exister sous forme membranaire ou être sécrétée sous forme soluble. Ces deux séquences se trouvent dans la partie C-terminale d'une immunoglobuline.

Quelle séquence correspond à la forme

F - Identification des acides aminés I

Ces acides aminés ont une chaîne latérale . Lequel est ?

H - Identification des acides aminés III

Écrire (en majuscule) le code à une lettre de l'acide aminé suivant :

Vous pouvez faire tourner la molécule.

H - Identification des acides aminés IV

Écrire le nom de l'acide aminé suivant

Vous pouvez faire tourner la molécule.

O - Ionisation des acides aminés

En solution, les acides aminés fixent ou perdent un proton suivant le pH. Modifiez la formule pour qu'elle corresponde à l'état d'ionisation de la forme majoritaire à pH .

J - Chaînes latérales

Complétez cette formule pour qu'elle corresponde .

S - Liaisons peptidiques (2D)

.

S - Liaisons peptidiques (3D)

.

Vous pouvez faire tourner la molécule.

N - Liaisons hydrogène

L - Modifications post-traductionnelles

Modifier la formule pour obtenir celle .

T - Former des dipeptides

Former le peptide (aidez-vous des modèles des acides aminés, dernière icône du menu).

U - Former des tripeptides

Former le peptide (aidez-vous des modèles des acides aminés, dernière icône du menu).

E - Structure d'un acide aminé (2D)

Voici la formule . Cliquez (voir les instructions dans la rubrique aide) sur .

D - Identifier les atomes (3D)

Voici . Cliquez sur .
Vous pouvez faire tourner la molécule. Pour sélectionner un atome, il suffit de cliquer dessus. Pour désélectionner un atome, cliquez une deuxième fois.

P - Courbes de titration de dipeptides

On considère des dipeptides, formés par la répétition d'un même acide aminé. Associer chaque courbe de titration au dipeptide correspondant.

Q - Courbes de titration de tripeptides

On considère des tripeptides, formés par la répétition d'un même acide aminé. A quel tripeptide peut correspondre la courbe de titration ci-dessous ?
xrange 0.1,14 yrange -, parallel 0,-0.3,0,0.3,1,0,14,grey parallel 7-0.3,-,7+0.3,-,0,1,14,grey arrow 0,0,14,0,8,black arrow 7,-,7,,8,black text black,7.1,0,small,7 text black,13,-0.1,small,pH text black,7.2,,small,Z text black,7.2,4,small,4 text black,7.1,-4,small,-4 plot navy,

K - Modifier la formule

Modifier la formule pour obtenir celle .

W - Quel est ce tripeptide (I)

Donner la séquence de ce tripeptide :

Vous pouvez faire tourner la molécule.

W - Quel est ce tripeptide (II)

Donner la séquence de ce tripeptide en utilisant le code à une lettre

Vous pouvez faire tourner la molécule.

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